近几年，随着审计工作的不断深化如何收缴被审计单位的违纪资金和对其违纪违法行为依法进行处罚，成为摆在审计机关面前的一个突出问题。
当前审计收缴及处罚
违纪款项环节存在的问题
目前，各级审计机关在处理违纪资金，收缴处罚违纪款项方面，主要是采取了以下两种措施：
一是分别设立“审计缴款专户”。各地设立的缴款户虽然形式不尽相同，但具体收缴款方式大体一致，其操作方法主要是：审计机关根据审计发现的问题，向被审计单位作出审计处理和处罚决定书，同时下发审计机关印制的“审计缴款书”，要求被审计单位将违纪款项缴入“审计缴款专户”，缴入专户的违纪资金既包括偷漏的各种税款、违法所得、应当上缴的收入，也包括审计机关对被审计单位违纪违法行为的罚款等。这种做法既违反了审计署有关清理和撤消审计缴款过渡户的规定，也违反了财政部门关于清理财政待解户的相关通知，还与国务院近几年出台的对罚没款项必须实行缴罚分离的原则以及罚款必须开具财政部门统一印制的专用罚款收据等规定相悖。
二是要求被审计单位将违纪违法资金就地缴入当地税务机关，同时将审计决定抄送当地税务机关。因目前审计机关查出的违纪违规问题，大部分是少缴的各种税款，因此这种收缴方式的做法主要是根据审计发现的问题，作出审计决定书，并在审计决定书中要求被审计单位，向当地税务机关补缴查出的各种税款。但是，这种缴款方式显然存在诸多问题：第一，使审计机关成了第二个税务局，也往往造成重复检查；第二，审计机关查补税款，税务机关随后收税，降低了审计的权威；第三，因缴款使用的是税收缴款书，并且大都随当年应缴税金一并缴纳（审计收缴一般为上年度甚至是以前年度少缴的税款等），对其是否认真执行了审计决定很难确定；第四，没收的违法所得、处以的罚款无法收缴，客观上造成应该收缴的没有收缴，应该罚款的没有罚款；第五，将审计决定书抄送税务机关缺乏法律依据。
另外，上述两种缴款方式既不便于审计机关对收缴处罚款项在全国范围内进行准确统计，无法随时掌握情况，也不利于监督检查被审计单位执行审计决定的情况，更不便于根据发现的问题，为各部门提供分析问题、解决问题的真实、详尽的参考资料。
在财政部门增设“审计缴款”科目
统一全国审计收缴处罚款项解缴入库办法
为促进审计工作的开展，全面准确地反映审计成果，体现国家审计的威慑力，监督审计决定的执行和落实，建议审计署、财政部以及中央金库，比照工商、技术监督、公安、商检、海关等部门罚没收入解缴办法，统一出台审计收缴处罚款项解缴入库办法，将审计缴款做为各级财政部门的一项收入，按照财政管理体制上缴。具体做法是：在国家预算收支科目中增设“审计缴款”的收入科目，统一印制审计收缴、处罚专用缴款书（样式可以比照财政收入缴款书），由各级审计机关根据审计决定书，将涉及到的应该收缴的有关偷漏的税金、违法所得、违法收入、罚款等款项，填写审计缴款书，由被审计单位在规定的时限内分别直接缴入各级财政。在财政统一设立缴款科目的法律依据至少有以下几点：
第一，是《中华人民共和国审计法》的要求。审计法第六章“法律责任”中第四十五条规定：对被审计单位违反国家规定的财务收支行为，审计机关、人民政府或者有关主管部门在法定职权范围内，依照法律、法规的规定，责令限期缴纳应当上缴的收入，限期退还违法所得，限期退还被侵占的国有资产，以及采取其他纠正措施，并可依法给予处罚。上述原则规定，要求审计机关必须采取一定的措施，以保证审计收缴款项的足额入库。
第二，是落实《中华人民共和国审计法实施条例》的具体执行措施。 1997年国务院颁布实施的《中华人民共和国审计法实施条例》，是《审计法》规定的审计工作基本原则的具体化，是审计机关依法独立开展审计工作的重要法律依据。在其第六章“法律责任”第四十九条中，明确规定了审计机关对拒绝审计、阻碍检查的行为，可以对被审计单位处以罚款；在第五十二条中，又明确了审计机关对被审计单位违法取得的财产，进行责令限期缴纳、上缴应当上缴的财政收入、责令限期退还被侵占的国有资产和违法所得等处理的强制性规定；在第五十三条中，还规定了审计机关对被审计单位违反国家规定的财务收支行为，进行审计处罚的具体数额，即：有违法所得的处以1倍以上5倍以下的罚款，没有违法所得的处以5倍以下的罚款，等等。审计机关要实施上述的处理处罚规定，就必须要建立收缴、罚款的具体措施，而统一收缴办法便是当前亟待解决的首要问题，是落实实施条例相关规定的有效办法。
第三，符合国务院《关于加强审计执法几个问题的通知》（国发［1991］45号）文件的规定。这份 1991年发布的“通知”中已经明确：“审计机关查处应当上缴中央财政的违反国家财经法规的资金，全部缴入中央金库设立的审计收入过渡科目，以利于督促检查被审计单位执行审计结论和决定。具体办法，由审计署、财政部、中国人民银行商定。”因此，出台办法，明确审计缴款方式，设立收入科目，印制统一收据，也是符合上述文件规定精神的。