审计运行单位成本是指审计机关完成一个审计（调查）项目，实现预定审计目标所耗用的各种费用（不含人员工资）之和。要科学、合理、准确地计算审计运行单位成本，必须先测算完成一个审计（调查）项目实施阶段（含审前调查阶段）所耗用的工作量（以工作日为单位），预算每个工作日所需要的相关费用，这二者之积可称之为动态费用。审计准备和报告阶段所需费用可在专业审计部门(单位)年度固定费用中分摊。审计中特殊因素影响而增加的费用称之为调整费用。由此得出测算公式：审计运行单位成本﹦动态费用〔项目耗用工作量（工作日）×每个工作日所需要费用标准〕＋分摊固定费用＋调整费用。依此方法还可以测算出一个专业审计部门或审计机关全年审计项目运行的总成本。此方法简便易行，具体测算方法探讨如下：
一、测算工作量
如何科学、准确地测算出完成一个审计（调查）项目实施阶段所耗用的工作量，是测算审计运行单位成本的难点，也是审计成本控制的关键点所在。审计项目因行业性质、延伸单位数量、资金规模、审计年限、审计类型、审计目标的不同，所耗用的工作量是各不相同的。可采用先确定基准项目工作量，再根据不同类型的项目确定不同的折算比例，由此测算出每个项目所耗用的工作量的方法。
二、预算审计成本
审计动态费用内容包括住宿费、伙食补助费、交通费、通讯费、其他费用等。动态审计费用标准可分为同城审计费用标准和异地审计费用标准两种。两种标准的确定则根据当地社会经济发展水平和有关财经政策规定来制定。一般实行几费合一，捆绑使用，超支不补，节约奖励的办法核算和管理。
依前例：该项目属于异地审计，异地动态费用标准为140元，应分摊固定成本为500元，则审计运行单位成本﹦动态费用〔项目耗用工作量（工作日）×每个工作日所需要费用标准〕＋分摊固定费用﹦112×140＋500﹦15680＋500﹦16180元。就是说该项目的审计运行单位成本为16180元。
三、调整审计成本
审计项目实际运行过程中，由于种种特殊因素的影响，有时会延长事先预计好的工作量，增加审计运行单位成本，这是必须加以特别考虑的。
２、审计中增加其他专项审计事项对审计成影响本。如，在审计中，需要对某项群众举报等事项进行深入审计、专业审计中与专项审计调查结合同时穿插进行，等等，必将增加工作量，追加审计费用成本。
３、审计中遇到不配合或阻挠审计工作对审计成本的影响。如果在审计实施中遇到被审计单位不配合，甚至阻挠审计工作开展，就会导致延长审计时间，增加审计成本。
再依前例：如果在该审计组4名成员中有1名新从事审计业务工作人员，业务生疏；在审计中，上级又交办一项群众举报信查实事项，并且审计中被审计单位不予积极配合，处处刁难审计人员，延误审计实施进程。此种情况下，就有必要考虑这三个因素，调整增加审计运行单位成本。
因素三：被审计单位不予积极配合审计工作，导致人平延长了2个工作日，即共延长了8个工作日。
综合以上三种因素，该项目审计运行单位成本应调整为：
调整后审计运行单位成本﹦动态费用〔项目耗用工作量（工作日）×每个工作日所需要费用标准〕＋分摊固定费用＋调整费用﹦112×140＋500＋（7＋10＋2×4）×140﹦15680＋500＋3500﹦19680元。该项目调整后的审计运行单位成本即为19680元。